ヒメミズワラビの基本変種はグアム固有種。
ミズワラビが2つに分けられ、北方型(Ceratopteris gaudichaudii)の新変種が、ヒメミズワラビとされる。

ミズワラビ(水蕨・Ceratopteris thalictroides)南西諸島型。