ウィキペディアを確認したところ、アレチヌスビトハギは、シバハギ属 Desmodiumに分類されていました…

以下のサイトに詳しく書かれていました…

https://www.jstage.jst.go.jp/article/jjapbot/93/2/93_93_2_10850/_article/-char/ja/

https://jglobal.jst.go.jp/detail?JGLOBAL_ID=201802219356526908

でも、内容は理解しにくいです…

私のような素人は専門学者さんの分類に従うしかないのですが…
どの分類体系を使うかによって変わってしまいますが、

まるごと生き物図鑑では属などの変更があった場合どうするのでしょうか。
最ではAPGでは表のように変わっていると思います。
こちらではヌスビトハギはDesmodium属とされています。
最近はHylodesmum属となるわけですが
学名などが変更された場合どうされるのですか。

まず分類体系としては、APGを採用しています。
そして基本的には最新の、かつそれなりに浸透しているものを採用したいと思っています。
それがしっかり反映されているのが博物館だと思っており、「サイエンスミュージアムネット」で記録の新しいものをいくつか確認して、それを採用することが多いです。
https://science-net.kahaku.go.jp/s/specimen/
ウィキペディアを参考にすることはありますが、ウィキペディアを根拠として何かを決めることはありません。

分類に変更があった場合は、それに気がついたら都度変更する、という対応しかないかなと思っております。

私は学名などはYListを参照させてもらっています。

さてヌスビトハギを投稿しようとする場合
ヌスビトハギ属DesmodiumになるのですがAPGだとHylodesmumとなります。
新しくヌスビトハギ属を登録することはできません。
Desmodiumで投稿しなければならないのでしょうか。

こちらの運営のことなのですからこの投稿はちょっと場違い的ですね。
とりあえずヌスビトハギ属をDesmodiumのまま投稿するのか、けりが付いたら削除した方がよいですかね。

植物ですと私もYListを参照しています。
昆虫やその他色々となると、広く確認できるサイエンスミュージアムネットを参照しています。

すでに同名のものが登録されている場合、新規で同じ名称で登録はできないので、登録済みのものを編集することとなります。

この場合ですと、ヌスビトハギ属の学名をHylodesmumと変更し、新たにアコウマイハギ属（Desmodium）を追加。そしてヌスビトハギ属に紐づいている2種を移動or属名変更で正しく整理可能でしょうか？

勝手に変えてしまっても良いものでしょうか。
移動はどうやるのでしょうか。

ちょっと話は変わりますがタチツボスミレの中にニオイタチツボスミレと思われるものがありました。

変更可能なものについては、変えていただいて大丈夫です。
移動は、属を変更したい種のページ上部の「編集」タブから、「属する属」を変更していただき、保存をしてください。

また、誤同定と思われるものがありましたら、該当の投稿ページにて種同定欄に正しい種名を入力した上でコメントいただけますと助かります！

アレチヌスビトハギは、シバハギ属からさらにアコウマイハギ属に変わっています。
アコウマイハギ属を新設してアレチヌスビトハギを移動しました。
ヌスビトハギ属もHylodesmumとして対応しました。

少ししたらこの投稿自体は削除いたします。

自分が新規投稿した種の分類は、主に、ウィキペディアの分類をみて（ウィキペディアに無いときは、他のサイトの分類を参考）作成していますので、サイトが間違いなら、そのまま作成する可能性があります…

気が付いたら、変更しますが、わかっていない部分もありますので、目、科、属、種すべての項目で、自由に編集して下さい…特徴欄も、おかしなことを書いていたら、削除、編集して頂いて大丈夫です…

学名も、初めは、属と種のみに学名を入れて作成を続けたため、科以上の分類は、学名が抜けているものもあります…後から、頑張って入れましたが、別名でどれを主にするかや、分類が正しいのかどうかにぶつかる時があって、止まってしまいます…

重要なコメントは、努力の過程も残した方が良いと思いますので、残す方が望ましいです…誤同定は、削除で良いと思います…自分も、新しく綺麗に写真が撮れたので、以前のスマホ写真を削除することがあります…